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El enclave más antiguo de Pamplona se sitúa en el actual barrio de la Navarrería, donde se encuentra la catedral. El crecimiento de la ciudad se produce tras descubrirse la tumba del apóstol Santiago, cuando Pamplona se convierte en una ciudad de paso para los peregrinos que acudían desde los Pirineos siguiendo el camino francés. Reyes como Sancho el Mayor y santos como San Veremundo se encargaron de facilitar el tránsito de los peregrinos por tierras navarras, promoviendo la construcción de puentes y hospitales y mejorando los caminos. De este modo el flujo de viajeros hizo que también nuevos pobladores, la mayoría francos, se empezaran a asentar en Pamplona, la primera ciudad del camino. Estos nuevos habitantes sin embargo no se establecieron en la Navarrería, sino que siguiendo el camino de Santiago, colonizaron las terrazas sobre el río Arga. La nueva población fue confirmada en el año 1129 por Alfonso el Batallador, naciendo así el burgo de San Cernin, cuya posición jurídica era diferente a la de Navarrería. A mediados del siglo XII existía ya otro núcleo de población al sur de San Cernin, conocido como la Población de San Nicolás.
 
Las relaciones entre los tres burgos siempre fueron tensas, llegando incluso a enfrentarse con las armas en diferentes ocasiones, por lo que las tres poblaciones estaban separadas por murallas defensivas, y sus iglesias servían además de fortalezas.
 
Tras otros conflictos anteriores, en el año1276 tuvo lugar la "Guerra de la Navarrería", que concluyó con la destrucción de dicho burgo y del claustro de la catedral románica. Los estragos de dicha contienda nos los relata el cronista Guillermo Anelier de Toulouse:
 
“Allí veríais a los soldados correr de un sitio para otro. Allí veríais abrir y destrozar féretros, y derramar cerebros y despedazar cabezas, y maltratar a damas y doncellas, y robar la corona al santo crucifijo y coger y ocultar las lámparas de plata, y abrir las arcas y robar las reliquias, los cálices, las cruces y los altares... Y veríais a la Navarrería tan abatida que en un mes no podríais estar bajo techo, al contrario podríais hacer hierba o sembrar trigo”.
 
La pacificación y unión de los tres burgos no se logró hasta el 8 de septiembre de 1423, cuando el rey Carlos III dictó el Privilegio de la Unión, mandó derribar los muros que separaban las poblaciones, y en la confluencia de los tres asentamientos construyó una única Casa de la Jurería, donde hoy se sigue localizando el actual Ayuntamiento.